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arxiv：2305.14749v7 [cs.lg] 2025年2月25日

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计算RNA设计任务通常是作为反问题提出的，其中设计是基于采用单个所需的二级结构，考虑到3D构象多样性。我们介绍了Grnade，这是在3D RNA骨架上运行的G型RNA DE标志管道，以设计出解释结构和动力学的序列。GRNADE使用多状态图neu-ral网络和自回归解码来生成候选RNA序列，该候选RNA序列在一个或多个3D骨干结构上，在一个或多个碱的身份未知。在单态固定骨架上，来自Das等人鉴定的PDB的14个RNA结构的重新设计基准。（2010年），与罗塞塔（Rosetta）相比，Grnade获得了更高的天然序列恢复率（平均为56％）（平均45％），与Rosetta报告的小时相比，要花一秒钟的时间才能产生设计。我们进一步证明了Grnade在用于结构柔性RNA的多状态设计基准上的实用性，以及对最近的核酶的回顾性分析，突变适应性景观的零摄像排名。对10种不同结构化RNA骨架的实验性湿实验室验证发现，在设计伪后的RNA结构时，Grnade的成功率为50％，对于Rosetta而言，超过35％的增长率超过35％。开源代码和教程可在以下网址找到：github.com/chaitjo/ geometric-rna-design

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